Đầu thế kỷ XIX, người Việt đã đến khai khẩn tại Bến Cầu. Năm 1844, đã lập được 4 làng là Long Giang, Long Chữ, Long Khánh, Long Thuận. Lúc đó Bến Cầu thuộc huyện Châu Thành.

Năm 1949, chính quyền cách mạng thành lập huyện Khăn Xuyên, trong đó có các xã Long Giang, Long Khánh, Long Chữ.

Năm 1953, lại nhập huyện Khăn Xuyên vào huyện Châu Thành.

Thời Việt Nam Cộng hoà, chính quyền Sài Gòn nhiều lần thay đổi ranh giới các quận, các xã. Năm 1959, chia quận Gò Dầu Hạ thành hai quận là Hiếu Thiện và Khiêm Hanh. Quận Hiếu Thiện bao gồm toàn bộ huyện Bến Cầu ngày nay và một số xã giáp ranh thuộc các huyện Gò Dầu, Trảng Bàng.

Cuối năm 1959, chính quyền cách mạng tách phần đất phía tây sông Vàm Cỏ Đông thuộc huyện Gò Dầu để thành lập huyện Bến Cầu.

Sau năm 1975, huyện Bến Cầu có 8 xã: An Thạnh, Lợi Thuận, Long Chữ, Long Giang, Long Khánh, Long Phước, Long Thuận, Tiên Thuận.

Ngày 20 tháng 8 năm 1999, thành lập thị trấn Bến Cầu - thị trấn huyện lỵ huyện Bến Cầu trên cơ sở 638 ha diện tích tự nhiên và 5.555 nhân khẩu của xã Lợi Thuận.[2]